La verdad es que no hay una respuesta absoluta para tu pregunta.
El modelo que la mayoría de los científicos piensa que es correcto, por su concordancia con lo conocido hasta ahora, se basa a grandes rasgos en que la conciencia es un efecto de interacciones entre complejas y caóticas (es decir, demasiado complejas como para poder predecirlas, aunque no sean verdaderamente azarosas). Esto daría la impresión de libre albedrío, que no sería real. (Esto exponen Francis Crick y Tito Ureta en sus libros "La búsqueda científica del alma" y "En el filo de la navaja de Occam", respectivamente). Estas teorías se llaman "no dualistas" pues sostienen que la conciencia tiene una base química, no externa al cuerpo (Aunque son aceptadas po la mayoría es importante recalcar que no han sido científicamente probadas). En el límite de lo que se podría considerar dualista, Roger Penrose ha planteado que la conciencia podría originares debido a efectos cuánticos en proteínas de las neuronas, lo que implicaría que en la conciencia hay azar verdadero, y posibilidad de libre albedrío. Por otra parte, se han documentado casos que sugieren la existencia de reencarnación (Estos casos aparecen en artículos científicos serios de I. Stevenson, como Stevenson, I., 1988,J Nerv Ment Dis,176, 741.). Estos casos, y ciertos argumentos filosóficos llevan a algunos científicos a inclinarse por teorías dualistas, en las que la conciencia sería un fenómeno de naturaleza no-química (Mathieu Ricard y Trin Xuan thuan, "El infinito en la palma de la mano", Urano, 2001). Esta última idea implicaría que nuestro conocimiento del mundo es incompleto, y es resistida por la mayoría de la comunidad científica, aunque no necesariamente incorrecta.
La verdad es que ninguna de estas teorías tiene evidencia suficiente para imponerse sobre las otras, por lo que la ciencia tiene poco que decir al respecto, al menos por ahora.
En wikipedia hay algo de información adicional que puedes revisar. aunque personalmente soy dualista traté de presentar el asunto de la forma más objeiva posible